Пример использования на C#, документацию нашел только для клиентских запросов, но по аналогии все понятно

var query = new EntitySchemaQuery(_userConnection.EntitySchemaManager, schemaName);
var columnCount = query.AddColumn(query.CreateAggregationFunction(AggregationTypeStrict.Count, query.PrimaryQueryColumn.Name));
var countEntity = query.GetEntityCollection(UserConnection)[0];
var count = countEntity.GetTypedColumnValue<int>(comnCount.Name);
return count;

На всякий случай разясню, после добавления агрегатной функции если добавить обычные столбцы по ним будет выполнена группировка те 

var esq = new Order(UserConnection);
esq.AddColumn(esq.CreateAggregationFunction(AggregationTypeStrict.Count, "Customer.Name").All());
	esq.AddColumn("Description");
	esq.AddColumn("Name");
	esq.AddColumn("Customer");

Добавит в запрос 

GROUP BY Order.Description, Document.Name, Order.CustomerId, Customer.Name;

Григорий Чех,

Спасибо большое!

Вот, на всякий случай, и пример серверного кода:

EntitySchema entitySchema = UserConnection.EntitySchemaManager.GetInstanceByName("SysProcessElement");
var query = new EntitySchemaQuery(entitySchema);
EntitySchemaQueryColumn elementUIdColumn = query.AddColumn("SchemaElementUId");
EntitySchemaQueryColumn executeCountColumn = query.AddColumn(query.CreateAggregationFunction(AggregationTypeStrict.Count,
	entitySchema.PrimaryColumn.Name));
 
EntityCollection entities = query.GetEntityCollection(UserConnection);

Зверев Александр,

Я для серверного кода пример и приводил :) От клиентского только документация :)

Вот документация по серверной. Ещё в этом документе есть информация.