Где используется пользователь с именем SysPortalConnection и можно ли его отключить?

Руслан, этот пользователь используется для выполнения загрузки конфигурационных страниц, когда пользователь не авторизирован. Например при оценке обращения, после того как оценка уже проставлена, для того чтобы показать пользователю страницу обратной связи, на которой он сможет ввести комментарий к оценке.

Логин и пароль этого пользователя при этом используются в ядре при обращении к AppConnection, там они считываются из внутреннего Web.config из значений параметров UserManagementSauName и UserManagementSauPassword.

Если Вы его отключите, использующая такой доступ функциональность работать корректно не будет, также не будет работать страница регистрации на портале, см. справку о настройке работы портала и обсуждение по теме.