Как перенести настройки рабочих мест

Скажите, базы рядом лежат или на разных серверах?

на разных серверах. Доступ есть к обоим.

Можно создать linked server и попереносить профили:

EXEC sp_addlinkedserver
@server=N'myLinkedServer',
@srvproduct=N'',
@provider=N'SQLNCLI',
@datasrc=N'tsworkdb\mssql2012'; -- указать "путь" к присоединяемому серверу

insert into BPMonlineNew.dbo.SysProfileData (Id, ObjectId, [Key], ObjectData, ContactId) --BPMonlineNew - название базы данных в которую переносятся профили
select Id, ObjectId, [Key], ObjectData, ContactId from myLinkedServer.[BPMonlineOld].dbo.SysProfileData --BPMonlineOld - название базы данных из которой переносятся профили

А как же все остальные таблицы? SysModule и т.д..
При переносе профиля затрутся все настройки пользователей которые были сделаны до этого.

Прошу прощения, подумал, что надо перенести профиль. Принцип такой же, только переносить надо SysModuleInSysModuleFolder. Убедитесь, что в базе на которую переносите, данная таблица почищена. Колонки id, syssolutionid, sysmoduleid, sysmodulefolderid, position.