на сколько я помню по платформе 3.Х, "напоминания" из окна напоминаний, сами по себе не пропадали. вручную или переносишь срок напоминания, или прекращаешь с ними работать.
Удаление задачи с окна напоминания происходит в функции DeleteRemindingByTask, сервиса ds_TaskScript. В этой функции установите BreakPoint и пройдитесь по коду, должны дойти до кода:
var StatusID = GetDatasetFieldValue(Dataset, 'StatusID');
Если нет, то необходимо выполнить анализ и понять по какой причине не дошли до нужного кода.
Еще рекомендую проверить значение системной переменной DeleteRemindingByFinishedTask, по умолчанию, значение поля [Значение] должно быть true.
