Унаследуйтесь от активного пакета или сделайте активным родителя

Из доступных только пакет Custom

Не обязательно пакет от которого вы наследуетесь должен быть открытым для редактирвания, главное чтобы для него не были зависшие в репозитории данные. Короче наследуйтесь от коробочного пакета, которого явно в вашем хранилище пакетов не будет

Т.е. вы предлагаете создать пакет- заглушку, который будет наследоваться от всех нужных пакетов и уже от него отнаследовать свой пакет? 

Аналогичная ошибка при Восстановлении из хранилища и при попытках зафиксировать доработки моего пакета, если я наследовался от одного из пакетов отключенного хранилища.

Это не ошибка. Как, по Вашему, система может обработать логику, унаследованную от неизвестно чего, к которому нет доступа?

Т.е. вы предлагаете создать пакет- заглушку, который будет наследоваться от всех нужных пакетов и уже от него отнаследовать свой пакет? 

Либо посмотреть на схеме иерархии, какой базовый самый нижний и вязать все свои к нему. Нужно тестировать, как лучше.