Михаил, стандартно в системе bpm'online и Marketplace нет готовых реализаций интеграции с фреймворком d3.js. Вы можете заказать такую доработку в рамках проекта или разработки для Marketplace.

Судя по скриншоту, Вы положили js-файл прямо в папку с сайтом. Видимо, так нельзя и нужно делать из него отдельную схему в конфигурации, как с jquery. См. тут.