Михаил, можете привести пример? не совсем понятно, ведь библиотек никаких нет. Вы хотите делать запуск приложения из webstorm, чтобы в нем осуществлять debug?
Касательно debug, то не пробовал, ибо в Chrome удобнее :)
А на счет функциональности IDE, то он подхватывает функции нормально. Чтобы он подхватывал ядровый js, то нужно подключить папку ...\Terrasoft.WebApp\Resources\ui. Там js-ы ядра (контролы, схемы...). Но их изменять не нужно, ибо приложение их не подхватывает. Они больше именно для разработки