Здравствуйте! Попробуйте сгенерировать коды для данного модуля и скомпилировать сборку затем перелогинится в системе с очисткой кэша в браузера. Мне такие действия помогали. Если локально система развернута, помогало еще перезапуск пула в IIS.
Для временного устранения надо в Web.config загрузчика, выключить фичу Feature-OptimizeManagersSynchronization = false и после переименования сохранять два раза.
При первом сохранении сообщение будет появляться, после второго ошибки не будет, а схема будет сохранена.
В новых версиях будет предоставлено решение такого поведения системы.
