Константин, я начал смотреть в коде, почему так.

Логика этой проверки и показа сообщения в SysModuleInWorkplaceDetailV2 в функции:

/**
* Processed receiving general and portal sections from service.
* @overridden
* @param {Object} result General and portal sections.
* @param {Object} selectedRows Selected rows in section lookup page.
*/
processedGeneralAndSspSections: function(result, selectedRows) {
                var generalAndSspSections = result.GetGeneralAndSspSectionsResult;
                if (generalAndSspSections) {
                                var sectionId = selectedRows.getByIndex(0).value;
                                if (generalAndSspSections.length === 2) {
                                                var isSelectedSectionSSP = Ext.Array.findBy(generalAndSspSections, function(item) {
                                                                var selectedSection = JSON.parse(item);
                                                                var sectionTypes = this.$SectionTypes || {};
                                                                return selectedSection.Id === sectionId && selectedSection.Type === sectionTypes.SSP;
                                                }, this);
                                                if (isSelectedSectionSSP) {
                                                                this._addSectionsToWorkplace(selectedRows);
                                                } else {
                                                                this.showInformationDialog(
                                                                                this.get("Resources.Strings.SelectedSectionAlreadyRegisteredAsSSP"));
                                                }
                                } else {
                                                this.openSectionWindow(sectionId, "SspMainSettings", null,
                "/AddSsp/" + this.get("MasterRecordId"));
                                }
                }
},

Тут в GetGeneralAndSspSectionsResult — результат запроса к /0/rest/SectionService/GetGeneralAndSspSections, на вход подают Id EBF36756-7854-4169-B2CC-8BC0EA25F391 этого раздела в SysModule, на выходе получаем две строки:

{
   "GetGeneralAndSspSectionsResult":[
      "{\r\n  \"Id\": \"ebf36756-7854-4169-b2cc-8bc0ea25f391\",\r\n  \"Type\": 0,\r\n  \"Caption\": \"Employees\",\r\n  \"SysModuleEntityId\": \"adfb879a-7065-4416-9379-3a0d63295dba\",\r\n  \"Code\": \"Employee\",\r\n  \"SchemaName\": \"EmployeeSection\",\r\n  \"EntityUId\": \"fb1c2bed-91d4-4b06-a28c-621a3d187008\",\r\n  \"TypeColumnName\": \"\",\r\n  \"SysModuleVisaEntityUId\": \"00000000-0000-0000-0000-000000000000\"\r\n}",
      "{\r\n  \"Id\": \"b3c1469a-26b2-4b76-a4c6-f6f0056c9972\",\r\n  \"Type\": 0,\r\n  \"Caption\": \"HR\",\r\n  \"SysModuleEntityId\": \"adfb879a-7065-4416-9379-3a0d63295dba\",\r\n  \"Code\": \"HR\",\r\n  \"SchemaName\": null,\r\n  \"EntityUId\": \"fb1c2bed-91d4-4b06-a28c-621a3d187008\",\r\n  \"TypeColumnName\": \"\",\r\n  \"SysModuleVisaEntityUId\": \"00000000-0000-0000-0000-000000000000\"\r\n}"
   ]
}

Вместе с искомым разделом Employees получаем какой-то раздел HR, которого я в интерфейсе нигде не вижу и нет в лукапе выбора раздела для добавления.

Проверка идёт по той верхней ветке, где 2 результата, не находит из них ни одного портального и выдаёт ответ, что добавить нельзя, поскольку уже зарегистрирован.

Если добавлять обычный раздел (например, «Продукты»), то либо в результате будет 1 строка и пойдёт по нижней ветке добавления портального раздела для этого раздела, либо в результате запроса к GetGeneralAndSspSections будет 2 записи по одному и тому же разделу, обычная и портальная, и если пользователь в лукапе выбрал портальную, она успешно добавится.

А так, из-за раздела HR логика отрабатывает не так, как ожидалось.

Судя по дате создания записи в 2013 году, он мог остаться от старых версий и не использоваться. Но это не точно.

Удалил в таблице SysModule запись с Caption, равным «HR»,  после чего портальный раздел сотрудников создался. После выбора раздела в мастере заполнил свойства и поля в портальной карточке, сохранил и он появился:

Добрый день! Тоже столкнулись с данной проблемой. Подскажите  прямой URL-адрес страницы пока разработчики не исправили данный Баг.

Максим, какую страницу Вы имели в виду? Я предложил удалить запись из SysModule.