Вероятно, новое правило было создано неверно. Если самостоятельно разобраться в инструкции не получилось, попробуйте обратиться в техническую поддержку, описав свои шаги подробнее и предоствив доступ к серверу.

Правило отрабатывает корректно при глобальном поиске.

Дополнительных настроек кроме признака "Использовать при сохранении" в академии не нашёл.

Если бы правило было настроено верно, оно бы отрабатывало везде. Кроме простановки галочки ещё нужно написать хранимую процедуру, о чём написано в инструкции.

Так же выявлено, что и базовые правила не отрабатывают при сохранении

Базовые правила должны отрабатывать при сохранении контакта и контрагента.

О сохранении Контрагента и идёт речь

Попробуйте развернуть демо-версию того же продукта и проверить на ней. Если там дубли проверяются, то дело в доработках. Если тоже нет, то сообщите в поддержку.