Вид -> Настроить кейсы раздела 

На каждой из стадий можно указать НА и С каких стадий можно переходить. Сейчас сделаю скриншотик. Удалите все переходы и все делайте процессом.

Это если есть активный кейс. Но вот если я отключаю все кейсы и хочу менять процессов стадии - мне нужно чтобы переход ручной не был доступен. Отключение кейса коробочного не помогло. 

Можно попробовать просто забрать у пользователя доступ на изменение этого поля «Стадия» в лиде. А изменения значения в бизнес-процессе делать при помощи классов, не учитывающих права доступа, например, Update.