Если в установленном накаткой пакете только 1 внешняя сборка и нет других файлов, то при выгрузке в файловую систему и компиляции данная сборка не видна для конфигурации, соответственно компиляция не происходит.

Например:

Пакет А - в нем сборка.

Пакет Б - в нем C# схема, что ссылается на сборку.

При выгрузке в ФС и компиляции ошибка в схеме, так как она не видит сборки.

Временное решение:

Проставить пакету свой Maintainer и InstallType, чтобы пакет выгрузился в Terrasoft.Configuration\Pkg. Тогда работает.